La Copa de Campeones de América de 1961 fue la segunda temporada de la competencia, el preciado torneo de fútbol de América del Sur . Entraron nueve equipos, dos más que la temporada anterior, sin que Venezuela enviara representante. Para potenciar aún más la competencia, la CONMEBOL mantuvo el criterio de tener enfrentamientos regionales para aprovechar las rivalidades transfronterizas
Aunque Peñarol también ganó su liga nacional, esta se convirtió en la primera y, hasta ahora, la única vez que los campeones defensores no clasificaron automáticamente a la próxima edición. Sin embargo, Manyas defendió con éxito su título al derrotar a Palmeiras en la final.
Cada enfrentamiento fue una fase de grupos de dos equipos. Debido al aumento de participantes, se implementó un grupo preliminar en la competencia, y el resto siguió el formato de la temporada anterior. Las victorias se otorgaron con dos puntos, 1 punto por empate y ningún punto por derrota. El equipo con más puntos después de un partido de ida y vuelta avanzó a la siguiente etapa.
Si los equipos siguen empatados, la diferencia de goles se convertirá en un factor. Se implementaría un desempate de un juego en caso de que los equipos sigan empatados. El sorteo se convertiría en la última solución para desempatar. De manera controvertida, Independiente Santa Fe y Jorge Wilstermann empataron en puntos que habrían requerido un desempate; La CONMEBOL, sin embargo, descartó la idea y decidió que el último cupo de semifinales se daría por sorteo que ganarían los colombianos.
Olimpia empató 2-2 con Colo-Colo en el global de puntos. Olimpia avanzó a semifinales por mejor diferencia de goles.
Peñarol empató 2-2 con Universitario en el global de puntos. Peñarol avanzó a semifinales por mejor diferencia de goles.