La Copa Libertadores 1989 fue la trigésima edición en la historia del torneo. 21 equipos participaron en la competencia, divididos en grupos de cuatro (dos por país). Los tres primeros equipos se clasifican para la siguiente ronda. Nacional de Montevideo entró directamente a la segunda ronda como campeón de la Copa Libertadores 1988 . El torneo comenzó con el primer juego el 12 de febrero de 1989 y finalizó el 31 de mayo de 1989.
Veinte equipos se dividieron en cinco grupos de cuatro equipos cada uno para la fase de grupos. Los tres primeros equipos de cada grupo, así como Nacional de Uruguay (que recibió un bye como ganadores de la Copa Libertadores 1988 del torneo) clasificaron a los octavos de final.
Los partidos de ida se jugaron entre el 5 y el 6 de abril. Los partidos de vuelta se jugaron el 12 y 13 de abril.