Entre 1999 y febrero de 2002, Moldavia se dividió en 12 unidades territoriales, incluido 1 municipio, 1 unidad territorial autónoma, 1 unidad territorial y 9 condados (rumano: județe ; escaños entre paréntesis):
- Municipio de Chișinău , rodeado por el condado de Chișinău, pero diferente de él
- Condado de Bălți ( Bălți )
- Condado de Cahul ( Cahul )
- Condado de Chișinău ( Chișinău )
- Condado de Edineț ( Edineț )
- Condado de Lăpușna ( Hîncești )
- Condado de Orhei ( Orhei )
- Condado de Soroca ( Soroca )
- Condado de Tighina ( Căușeni )
- Condado de Ungheni ( Ungheni )
- Găgăuzia , unidad territorial autónoma ( Comrat )
- Stânga Nistrului , unidad territorial ( Dubăsari )
En octubre de 1999, un condado de Taraclia se separó del condado de Cahul ; coincide con el actual Distrito de Taraclia .