En la temporada 2004-05 de la Segunda División de México , Académicos ganó el campeonato de apertura y cierre del grupo Liguilla de Ascenso y ascendió a Ascenso MX .
El club pasó a llamarse Coyotes y se trasladó a Hermosillo , Sonora , pero permaneció como parte de Atlas. Después de una temporada, el club volvió a cambiar el nombre a Académicos.
En la temporada 2007-08 el club estuvo radicado en Tonalá, Jalisco y en la temporada 2008-09 en Guadalajara . Después de la reconstrucción de la Primera División A, el equipo se retiró, pero Atlas todavía tenía equipos que jugaban desde la 7ª división hasta la 2ª división.
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