El Comité de Programas Transversales del Consejo Económico, Social y Cultural de la Unión Africana se ocupa de cuestiones no tratadas explícitamente por otros comités. Ellos son:
- VIH / SIDA.
- Cooperación internacional.
- Coordinación con instituciones y órganos de la Unión Africana .
El presidente del comité es Kalusambo Musonda