Portanova comenzó su carrera profesional en la tercera división Fermana FC , debutando en 1996 y dejando a continuación de la Serie B Genoa CFC . Comenzó los primeros cuatro juegos de la temporada, pero logró solo dos minutos más de fútbol durante el resto de la temporada después de eso. Esto lo llevó a dejar el Genoa para el AS Avellino 1912 de la tercera división en calidad de préstamo para la temporada 1999-2000. Después de un tiempo decepcionante en Avellino, donde solo logró nueve apariciones, Genoa vendió al joven defensa al entonces ACR Messina de tercera división .
Portanova se convirtió inmediatamente en un miembro vital del equipo de Messina, que logró el ascenso en la temporada 2000-01 a la Serie B. Hizo 18 apariciones en 2001-02, perdiéndose 15 rondas en la mitad de la temporada debido a una lesión. La temporada 2002-03 fue la mejor de la carrera de Portanova hasta la fecha, con el defensor manejando 34 apariciones e incluso anotó cuatro goles para el equipo.
Su fuerte forma de la temporada anterior llevó a los pesos pesados del sur, SSC Napoli, a hacer un movimiento por el jugador. Hizo 31 apariciones en su primera y única temporada con el club, ya que el equipo terminó 14 ° en la Serie B.
La buena forma continua de Daniele en la segunda división de Italia finalmente llevó a un movimiento a la Serie A, donde fue recogido por el AC Siena . Hizo 26 apariciones e incluso logró cuatro goles en la temporada 2004-05, cuando el equipo terminó 14º, cómodamente por encima del descenso. La siguiente temporada, Daniele continuó como un pilar en Siena, haciendo 32 apariciones y el equipo terminó 15º. En agosto de 2009, Portanova se trasladó a Bolonia procedente del AC Siena después de 162 apariciones y 10 goles con Siena durante cinco años. Su partida fue muy lamentada por los fanáticos que llegaron a amar al jugador durante su paso por el club. [2]
Portanova se mudó a Bolonia en un intercambio, mientras que Claudio Terzi se mudó al otro lado. Hizo 36 apariciones en su primera temporada con el club, anotando su primer gol en la victoria 2-0 sobre Livorno en la ronda 5 de la 2009-10 Serie A la temporada. La siguiente temporada, continuó como parte principal del primer equipo, anotando un solo gol en 34 apariciones, el ganador en la victoria por 1-0 sobre Catania. La próxima temporada, la buena forma y el liderazgo de Portanova ayudaron a su equipo a terminar noveno en la Serie A, a pesar de las dificultades en las últimas temporadas. Marcó cuatro goles desde la defensa en 35 apariciones, incluido uno en el empate 1-1 contra la Juventus.
Portanova fue excluido del fútbol durante cuatro meses en el verano de 2012 como resultado de no informar de un intento de arreglo de partidos. En particular, la Federación Italiana de Fútbol no prohibió a Portanova por amaño de partidos o por intentar arreglar un partido de fútbol, simplemente por no informar de una conversación importante que el jugador escuchó.