El club fue fundado en 1918 como Odishi Zugdidi. En 1990, el FC Odishi Zugdidi debutó en la Umaglesi Liga . En la temporada 1998–99 terminó 15º y fue relegado a la Liga Pirveli . Antes de la temporada 2001-02, el club cambió su nombre a FC Lazika Zugdidi y en 2002-03 el club ganó el ascenso a la Umaglesi Liga. Antes de la temporada 2003-04, el FC Lazika Zugdidi se fusionó con el club FC Spartaki Tbilisi que jugaba en la Pirveli Liga. Durante las vacaciones de invierno, el FC Spartak-Lazika Zugdidi aparentemente se trasladó a Tbilisi y pasó a llamarse FC Spartaki Tbilisi. La fusión se disolvió y el club cambió su nombre de FC Dinamo Zugdidi a FC Zugdidi.
En julio de 2006, FC Zugdidi y FC Mglebi Zugdidi se fusionaron. FC Mglebi Zugdidi jugó en Regionuli Liga. El club siguió jugando en la Liga Pirveli, pero se llamó FC Mglebi Zugdidi. En la temporada 2006-07, ganó el primer lugar y regresó a la Umaglesi Liga. Después de la finalización de la temporada 2008-09 quedó en séptimo lugar, pero por razones económicas se ha resuelto.
El FC Baia Zugdidi se fundó en 2006. En 2009, el FC Baia Zugdidi ganó el ascenso a la Umaglesi Liga .
El FC Baia Zugdidi ocupó el lugar del predecesor. Antes de la temporada 2012-13, el club cambió su nombre de FC Baia Zugdidi a FC Zugdidi.
Nota: Las banderas indican la selección nacional según se define en las reglas de elegibilidad de la FIFA . Los jugadores pueden tener más de una nacionalidad ajena a la FIFA.
El equipo femenino participó en la ronda de clasificación de la UEFA Women's Champions League 2010-11 , donde perdió los tres partidos.