El grupo de especies de Drosophila melanogaster pertenece al subgénero Sophophora y contiene 10 subgrupos. [1] [2] La filogenia en este grupo de especies es poco conocida a pesar de muchos estudios que cubren muchos de los subgrupos de especies. La explicación más probable es que los diversos subgrupos divergieron entre sí en un marco de tiempo evolutivo relativamente corto. Tres subgrupos aún no se han investigado en estudios moleculares y su posición en la filogenia no está clara. El subgrupo suzukii es parafilético ya que D. lucipennis se coloca sistemáticamente dentro del subgrupo elegans .
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