La Asociación Atlética Durazno Fútbol Club fue fundada a través de la asociación de varios clubes del departamento de Durazno . Esos clubes asociados fueron: Central, Juvenil, Nacional, Molles y Rampla.
El club fue fundado en 2005, lo que los convierte en uno de los equipos más jóvenes de Uruguay. Hicieron su debut en la 2ª división el 16 de septiembre de 2006, con una sorprendente e importante victoria sobre El Tanque Sisley por 3-0.
En la temporada 2008-09 de la Segunda División uruguaya , llegaron a la final de los playoffs y no lograron ascender a la Primera División después de perder 4-1 en el global ante Atenas de San Carlos .