Ella era la hija de riksråd Baron Hogenskild Bielke y Anna Sture. Por tanto, era nieta paterna de Anna Hogenskild y nieta materna de Svante Stensson Sture y Martha Leijonhufvud . En 1589, se casó con el cuñado de su tío, Axel Bielke (muerto en 1597), hermano de la reina Gunilla Bielke .
Su padre y su hermano eran seguidores de Segismundo III Vasa contra Carlos IX de Suecia en la guerra civil de la década de 1590. Después de que su hermano dejó Suecia en 1599, su padre fue encarcelado por Carlos IX. Durante su encarcelamiento, mantuvo correspondencia con Ebba Bielke. Le dio la tarea de mantenerlo informado sobre las conspiraciones contra Carlos y recopilar pruebas de los conflictos entre Carlos y el consejo real, lo cual hizo. [1]
En 1605, Hogenskild Bielke fue llevado a juicio por alta traición y ejecutado sobre la base de pruebas de, entre otras cosas, su correspondencia con su hija. [2] La propia Ebba Bielke también fue detenida, juzgada como cómplice de los crímenes de su padre. [3] Su propiedad fue confiscada por la corona y fue sentenciada a prisión.