Era el hijo mayor de Edward Stillingfleet , obispo de Worcester , educado en St Paul's School . Fue un erudito de Lady Margaret del St. John's College, Cambridge , se matriculó en 1678, se graduó de BA en 1682, MA en 1685 y MD en 1692. [1]
Fue elegido miembro de la Royal Society en 1688 y profesor de física de Gresham de 1689 a 1692. [2] Posteriormente, ejerció como médico en King's Lynn , se casó en contra de los deseos del obispo, se endeudó y ofendió aún más a su padre. por sus opiniones jacobitas . Sin embargo, cuando fue ordenado, el obispo obtuvo para él la rectoría de Newington Butts , que cambió en 1698 por la rectoría de Wood Norton y Swanton , Norfolk .
El obispo murió en 1699, sin dejar nada a su hijo y, en consecuencia, a la muerte de este último en 1708, su viuda se encontraba en una situación difícil. Además de Benjamin Stillingfleet , el naturalista, tuvo tres hijas, de las cuales la mayor, Elizabeth, se casó después con John Locker , y ella misma se casó después con el Sr. Dunch.