La tercera temporada de Eesti otsib superstaari se estrenó el 6 de septiembre de 2009. El ganador de la temporada fue Ott Lepland .
En otoño de 2008, TV3 anunció que la tercera temporada se pospondrá para el futuro. El programa fue reemplazado por el nuevo programa Eesti otsib lemmiklaulu (Estonia está buscando una canción favorita) . En junio de 2009 TV3 anunció que las audiciones para la tercera temporada comenzarán en agosto de 2009.
En julio de 2009, Estonian Public Broadcasting (ERR) anunció que uno de los jueces, Heidy Purga, no puede participar en ese programa. Purga es directora de la estación de radio de ERR, Raadio 2. ERR explicó que la decisión fue tomada porque hay mucho trabajo por hacer en Raadio 2 en este momento y no permitirán que Purga participe en el programa de competencia.
Varios días después, TV3 anunció nuevos presentadores y un nuevo juez. Los anfitriones de la tercera temporada son la estrella de rock ganadora del Festival de la Canción de Eurovisión , Tanel Padar , y la cantante Ithaka Maria . Heidy Purga fue reemplazada por la cantante Maarja-Liis Ilus .
Esta temporada también produjo representantes de Estonia en el Festival de la Canción de Eurovisión tres veces seguidas: Robin Juhkental , que llegó a las semifinales del programa, representó a su país como cantante principal de Malcolm Lincoln en 2010; Getter Jaani , que terminó en cuarto lugar, cantó por Estonia en 2011 y Ott Lepland , el ganador de la temporada, tuvo su turno en 2012 logrando el sexto lugar del certamen. Cinco años después, la semifinalista Elina Nechayeva obtuvo un octavo lugar en la Gran Final del concurso.
Las audiciones para 2009 se llevaron a cabo en Pärnu (19 de agosto), Rakvere (26 de agosto), Tartu (29 y 30 de agosto) y Tallin (22 y 23 de agosto). Solo entre 60 y 80 cantantes calificaron para la ronda de teatro.