Los controles epigenéticos en ciliados tienen que ver con la característica única de los ciliados : poseen dos tipos de núcleo (este fenómeno se llama dimorfismo nuclear ), un micronúcleo que se usa para la herencia y un macronúcleo , que controla el metabolismo . En la división o reproducción de los ciliados, los dos núcleos están bajo varios controles epigenéticos.