La Copa de Estonia 2009-10 fue la vigésima temporada del torneo eliminatorio de fútbol de Estonia organizado por la Asociación de Fútbol de Estonia . Los ganadores de la copa se clasificaron para la segunda ronda de clasificación de la UEFA Europa League 2010-11. Los campeones defensores fueron Flora Tallinn .
Levadia , Flora II , Otepää , Noorus 96 , Esteve , Olympic , Hell Hunt , Keskerakond , Toompea , Quattromed , Metec , Püsivus , Keskerakond II , Kalev Tallinn , Piraaja , Twister , Tammeka , Flora , aaMeraaS , Aspen , Toompea 1994 , Soccernet , Eston Villa , Kuressaare, Elva II , HansaNet.ee , Tabasalu , A&A Kinnisvara , Rada II , Tamme Auto , Velldoris , Orbiit , Lootos , Rada , Elva , Nõmme United , Koeru , Navi , Kristiine , FCF Järva-Jaani .