La Copa FAI 2006 fue la 86ª edición de la Copa Desafío de la Asociación de Fútbol de Irlanda o Copa FAI . La competición de esta temporada fue la última patrocinada por Carlsberg . Comenzó oficialmente a fines de abril, cuando veinte clubes de las ligas juveniles e intermedias lucharon por la oportunidad de enfrentarse a rivales de la Liga de Irlanda en la segunda ronda. Los diez ganadores de esas eliminatorias se unieron en la segunda ronda a los 22 clubes de la Liga de Irlanda. La competencia se desarrolló hasta principios de diciembre, y la final se llevó a cabo el domingo 3 de diciembre.