FC Luninets fue fundado en 1999 y se unió a la Segunda Liga de Bielorrusia ese mismo año. El equipo eclipsó rápidamente a los rivales locales Polesye Luninets (que ya jugaba en Segunda Liga durante varias temporadas) y consiguió un ascenso a Primera Liga desde el primer intento. [1]
Luninets luchó por el ascenso en su temporada de debut en la Primera Liga , pero finalmente terminó segundo, perdiendo la carrera ante Molodechno . A finales de año el equipo se retiró por falta de financiación.
En algún momento después de su retiro de la Primera Liga, comenzaron a jugar en la liga de Brest Oblast como equipo amateur. En 2021 se reincorporó a la Segunda Liga de Bielorrusia