En 1990 , se fundó la Federación de Fútbol de Georgia para celebrar su propia competición de fútbol y abandonar el sistema de ligas de fútbol soviético. Clubes como el FC Dinamo Tbilisi y el FC Guria Lanchkhuti renunciaron a su lugar en la Top League soviética para unirse.
En ese momento, Zestafoni tenía su propio club, el FC Metallurg Zestafoni. Un nuevo club, formado como Margveti Zestafoni , se incorporó a Pirveli Liga y ascendió en la primera temporada. Margveti fue miembro de la Umaglesi Liga y logró su mejor temporada en 1995-96 al terminar subcampeón. Pero en la temporada 1997–98, Margveti terminó en la parte inferior y descendió. En 1999 se formó un nuevo club con el nombre del equipo de leyenda de la ciudad Metalurgi Zestafoni. Margveti se declaró en quiebra en 2000. FC Margveti Zestafoni enfrentó problemas financieros y fue relegado en 1998. En 2006 se fundó "Margveti-2006" en la división inferior y recientemente en Meore Liga , pero es un club (municipal) diferente.
Aunque Metallurgi Zestafoni, Margveti Zestafoni y FC Zestafoni procedían de la misma ciudad, nunca se conocieron en Liga, y ambos clubes procedían de la sucesión del Metallurg Zestafoni.