En 2012 se fundó para el equipo I Lyga . En esa temporada estaban en sextos lugares. Después de la temporada, los jefes de la NFA decidieron jugar en el tercer nivel.
En 2013 el club compitió en II Lyga (3ra división). Después de la primera mitad de la temporada, el club estaba en la 3ª posición. FK NFA se retiró a mitad de temporada, su licencia fue asumida por FC Stumbras , que pasó a ganar el primer lugar. El entrenador en jefe del FC Stumbras era hijo del presidente de la LFF (Federación Lituana de Fútbol).
En 2017, FK NFA se restableció nuevamente. Jugó en la II Lyga , ganó el primer puesto y consiguió el ascenso a la I Lyga .
La temporada de 2018 fue en I Lyga , [2] el segundo nivel del fútbol lituano. NFA significa Academia Nacional de Fútbol, y este equipo representó a esta organización. El club participó en competiciones sin necesidad de licencia para otros clubes de fútbol .
En 2018 I Lyga el club alcanzó la 10ª posición. [3] Después de la temporada, la NFA iba a ser reestructurada y el equipo desapareció.
En 2019, la administración de la academia pasó de la LFF (Federación de Fútbol de Lituania) a la Kauno Futbolo Akademija (Be1SC) y la NFA pasó a llamarse Be1 NFA.