Flamengo de Sucre fue fundado el 27 de mayo de 1966 como Club Atlético Flamengo (o CAFLA) por seguidores bolivianos del club brasileño Clube de Regatas do Flamengo . Algún tiempo después, el club pasó a llamarse con el mismo nombre del club brasileño. [1]
El club se unió a la Liga Profesional de Sucre (Liga Profesional Sucre) en 1977. [1] El club compitió en la liga durante tres años consecutivos, pero, debido a una administración amateur y la falta de recursos, el club finalmente fue relegado al segundo puesto. división. [1]
El club cerró su sección de fútbol profesional en 1989. [1] En 1996, el presidente boliviano reabrió el club. A partir de 2010 juegan en Chuquisaca Primera A.
El 21 de junio de 2011, Flamengo de Sucre ganó la Primera "A", organizada por la Asociación de Fútbol de Chuquisaca (ACHF), por primera vez en sus 46 años de vida institucional, derrotando en la final del Torneo Adequación al Club Fancesa 2– 1 en un partido disputado en el Estadio Patria.