Francisco Flores puede referirse a:
- Francisco Flores (1926-1986), futbolista mexicano
- Francisco Flores (nacido en 1988), futbolista costarricense-nicaragüense
- Francisco Flores (nacido en 1990), futbolista venezolano
- Francisco Flores (nacido en 1994), futbolista mexicano
- Francisco Flores (nacido en 2002), futbolista argentino
- Francisco Flores Pérez (1959-2016), presidente de El Salvador
- Francisco Flores (promotor de lucha libre) , promotor de lucha libre mexicana
- Francisco Flores (atleta) , atleta hondureño de pista y campo en el Campeonato Mundial de Atletismo de 1993 - 400 metros masculino
- Francisco Silva Flores , futbolista mexicano