Gilberto fue fichado por MetroStars del club brasileño Ginásio Pinhalense de Esportes Atléticos después de impresionar en La Manga Cup en 2004. Flores ha tenido problemas para ver el tiempo de juego en su tiempo con las MetroStars, aunque ha sido relativamente impresionante en su breve tiempo de juego, ha luchado tanto con lesiones que lo han mantenido fuera gran parte del año, como con la difícil tarea de irrumpir en un mediocampo de MetroStars muy talentoso.
Lesionado en un juego contra el Revolution en 2004, Gilberto no pudo recuperar su forma y fue liberado por MetroStars en junio de 2005. Fue recogido por el mismo equipo de Nueva Inglaterra contra el que sufrió su lesión, pero fue liberado por Nueva Inglaterra en Noviembre de 2005 después de aparecer en un solo partido, en la US Open Cup .
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