El gobernador de Zamboanga del Sur es el jefe ejecutivo local de la provincia filipina de Zamboanga del Sur . El gobernador ocupa su cargo en el Capitolio Provincial de Zamboanga del Sur. Como todos los jefes de gobierno local en Filipinas, el gobernador es elegido por voto popular y no puede ser elegido por un cuarto mandato consecutivo (aunque el exgobernador puede volver al cargo después de un intervalo de un mandato). En caso de muerte, renuncia o incapacidad, el vicegobernador se convierte en gobernador.
Antes de 1952, todo Zamboanga estaba gobernado por gobernadores designados bajo la histórica provincia de Moro (1903-1914) y la provincia de Zamboanga (1914-1952) . Después de 1952, el entonces gobernador de Zamboanga, Serapio J. Datoc, se convirtió en el primer gobernador de la provincia.