La tercera temporada de Wizards of Waverly Place se emitió en Disney Channel del 9 de octubre de 2009 al 15 de octubre de 2010. Los niños Russo, Alex ( Selena Gomez ), Justin ( David Henrie ) y Max Russo ( Jake T. Austin ) continúan competir para convertirse en el mago líder de su familia y conocer a muchos amigos y adversarios en el camino. Maria Canals Barrera y David DeLuise coprotagonizan como sus padres y Jennifer Stone coprotagoniza como la mejor amiga de Alex, Harper Finkle. Esta es la primera temporada de la serie que se transmite en alta definición. Esta es también la última temporada para reproducir la versión original del tema musical de la serie.
La secuencia de apertura es la misma que en las temporadas anteriores. Los personajes de la secuencia de apertura aún permanecen en definición estándar, solo el fondo se convierte a alta definición.
La secuencia comienza con Alex ( Selena Gomez ) despertándose por la mañana con el despertador sonando. Ella usa un hechizo para hacer que la hora sea las 6:30. Luego entra al baño donde Justin ( David Henrie ) se observa en el espejo donde Alex lo empuja hacia un lado. Él se enoja y luego usa magia para ponerla en el espejo. En la cocina, Max ( Jake T. Austin ) tiene una naranja que se convierte en una magdalena de vainilla. Mientras tanto, Harper ( Jennifer Stone ) se encuentra con Alex en la puerta principal mientras señala su camisa de sandía. De vuelta en la cocina, Max está a punto de poner su cupcake en su mochila cuando su madre, Teresa ( Maria Canals Barrera )), lo hace volver a convertirlo en una naranja. Alex le dice a su madre que llega tarde a la escuela. En la guarida, Jerry ( David DeLuise ) hace volar su libro de hechizos. Luego va a recuperarlo. En la tienda secundaria, Alex abre su mochila y entra el libro de hechizos. Jerry la sermonea cuando aparece la tarjeta de título principal. Luego, los cuatro amigos caminan hacia la escuela.
Justin ahora es un mago graduado y ya no necesita tomar clases de entrenamiento de magos con sus hermanos. Alex ahora siente la necesidad de mejorar sus habilidades de entrenamiento con un poco de ayuda de Harper, quien ahora vive con los Russo. Justin también continúa su relación con una vampira llamada Juliet ( Bridgit Claire Mendler ) y Alex comienza una nueva con un hombre lobo llamado Mason ( Gregg Sulkin ).). Ambas relaciones terminan mal, con Juliet transformada para parecer de su edad real y Mason convertido permanentemente en lobo. Sin embargo, Justin siguió adelante con la ayuda de Harper y Alex, quien reanudó su relación con Mason después de que la "magia del campo" lo devolviera a su forma humana. Justin intenta cumplir una serie de logros que cree que conforman un exitoso último año en la escuela secundaria, incluido unirse al equipo de baloncesto, ser elegido presidente del cuerpo estudiantil, organizar una gran fiesta y ganar la feria de ciencias con un motor de agua. Mientras tanto, Alex conoce a un mago adolescente llamado Stevie Nichols ( Hayley Kiyoko), quien tiene la misma personalidad que Alex. Alex y Stevie se hacen amigos, para consternación de Harper. Luego, Stevie comienza una revolución de magos y Alex la engaña para que se una a la revolución para congelar a Stevie y transportar sus poderes a su hermano, Warren. Max luego destruye a Stevie por accidente. Alex tiene un romance intermitente en esta temporada. Max se enamora de su primera novia. El final de temporada tiene a la familia secuestrada por agentes del gobierno por ser magos. Engañado para que crea que se avecina una invasión alienígena, Justin les dice a los agentes que la magia existe, lo que lleva a que la mayoría de los magos sean capturados. Los Russo logran escapar con Alex declarando que necesitan decirle al mundo la verdad para salvar el mundo de los magos.
Las estrellas invitadas y el elenco recurrente incluyen: Bill Chott como Mr. Laritate, Dan Benson como Zeke Beakerman, Hayley Kiyoko como Stevie Nichols, Bridgit Claire Mendler como Juliet Van Heusen, Moisés Arias como Conscience, Bella Thorne como Nancy Lukey, Fred Willard como Mr. Stuffleby, Austin Butler como George, Shakira como ella misma, Ted McGinley como Magroder, John O'Hurley como el capitán Jim Bob Sherwood, Wilmer Valderrama como el tío Ernesto, Kate Flannery como Elaine Finkle y Jeff Garlin como el tío Kelbo.