O'Reilly fue nombrado obispo coadjutor de la diócesis de Clogher en Irlanda el 27 de abril de 1777. Fue ordenado obispo el 29 de julio de ese mismo año. Se convirtió en obispo católico de Clogher el 28 de marzo de 1778, tras la muerte de su predecesor, Daniel O'Reilly . [1] Ordenado obispo a la edad de 38 años, Hugh O'Reilly fue el obispo más joven de la diócesis en los tiempos modernos. Murió en el cargo el 3 de septiembre de 1801 después de haber sido obispo de su diócesis durante casi veinticuatro años. O'Reilly fue sucedido por el obispo James Murphy , quien había sido nombrado obispo coadjutor. en mayo de 1798. Está enterrado en el antiguo cementerio Magheross en Carrickmacross.