Hynobius ikioi está muy cerca de Hynobius amakusaensis y Hynobius osumiensis , ambos también de Kyushu, pero se distingue fácilmente de ellos por su dorso bicolor único.
Esta especie fue descrita en 2017 por Matsui, Nishikawa & Tominanga; anteriormente se pensaba que era una población de Hynobius stejnegeri .