El Territorio de Idaho se organizó en marzo de 1863, y el condado de Owyhee fue el primer condado del territorio en organizarse, en diciembre de ese año. El condado de Oneida se organizó en enero de 1864, mientras que el condado de Missoula se adoptó el mismo mes, antes de convertirse en parte del nuevo Territorio de Montana en mayo. Los condados de Shoshone, Nez Perce, Idaho y Boise fueron reconocidos en febrero de 1864; Condado de Alturas se organizó el mismo mes. En diciembre de 1864, se crearon los condados de Kootenai y Ada; El condado de Lah-Toh también se creó en este momento, pero se abolió en 1867.
Los límites actuales de Idaho se establecieron en 1868 y el condado de Lemhi se creó al año siguiente. Cuando Idaho fue admitido en la Unión como el estado número 43 en 1890, se habían creado otros ocho condados, lo que elevó el total a 18. Después de que se crearon los condados de Canyon, Fremont y Bannock, los condados de Alturas y Logan se fusionaron para formar Blaine. Condado en marzo de 1895; El condado de Lincoln se formó a partir del condado de Blaine más tarde ese mismo mes. Los condados de Bonner y Twin Falls se crearon en 1907, antes de que se crearan otros 21 condados entre 1911 y 1919, lo que eleva el total a los 44 actuales.
Desde 1945, cada condado ha utilizado un código en sus placas que incluye la primera letra del nombre del condado. Cuando los nombres de dos o más condados comienzan con la misma letra, en cada uno de estos condados la letra va precedida de un número que indica el orden de ese condado en la lista alfabética. Por ejemplo, los cuatro condados que comienzan con 'L' en orden alfabético son Latah, Lemhi, Lewis y Lincoln; los códigos para estos condados son 1L, 2L, 3L y 4L respectivamente. Los condados de Elmore, Idaho, Kootenai, Nez Perce, Shoshone, Valley y Washington son los únicos en el estado con sus respectivas primeras letras; en estos condados, la letra sola sirve como código.