Sekler nació en una familia musical. Su padre, Mikhail Sekler, es un virtuoso violinista premiado. Ilja Sekler comenzó su formación en violín en Moscú en la Escuela Especial de Música Central bajo la tutela de Zinaida Gilels y Alexander Vinnitsky y luego estudió en el Conservatorio de Moscú con Valeri Klimov y Sergei Girschenko. También estudió con Werner Scholz en la Hochschule für Musik Hanns Eisler , de la que se graduó con distinción en 1998, y recibió importantes experiencias artísticas durante las clases magistrales de Wolfgang Marschner .
Sekler ganó premios en el Concurso Internacional de Violín Paganini en 1989, el Concurso Internacional de Violín Carl Nielsen en 1992 y el concurso Wolfgang Marschner en 1992 en Weimar, y apareció como solista con orquestas en Berlín, Bolonia y Cardiff.