La proteína inhibidora (IP) está situada en la matriz mitocondrial y protege a la célula contra la rápida hidrólisis del ATP durante la isquemia momentánea . En ausencia de oxígeno, el pH de la matriz desciende. Esto hace que el IP se protone y cambie su conformación a una que se pueda unir a la sintetasa F1Fo y la detiene, evitando así que se mueva en una dirección hacia atrás e hidrolice el ATP en lugar de producirlo. Cuando finalmente se incorpora oxígeno al sistema, el pH aumenta y el IP se desprotona. IP se disocia de la sintetasa F1Fo y le permite reanudar su síntesis de ATP.