El almirante español Isidro de Atondo y Antillón (bautizado el 3 de diciembre de 1639) es mejor conocido por su papel en los intentos fallidos de establecer colonias en la península de Baja California en 1683-1685.
Atondo nació en Valtierra, en la región de Navarra de España, de padres nobles. Bautizado en 1639, inició el servicio militar en 1658, combatiendo en varias campañas europeas, tanto en tierra como en el mar. Después de llegar al Nuevo Mundo en 1669, Atondo fue nombrado gobernador y capitán general de Sinaloa en el noroeste de la Nueva España en 1676. En 1678, se le encargó liderar un esfuerzo bien financiado para establecer una presencia española en la península de Baja California, donde los intentos intermitentes desde la década de 1530 habían terminado uniformemente en fracaso.
Acompañado por los misioneros jesuitas Eusebio Francisco Kino y Matías Goñi, Atondo navegó a La Paz en abril de 1683. Los esfuerzos para establecer un asentamiento entre los pericú y guaycura del área de La Paz terminaron con los soldados españoles envueltos en hostilidades con los nativos. La Paz fue abandonada y los españoles se trasladaron al norte para intentarlo nuevamente en San Bruno entre los cochimíes al norte de Loreto en diciembre de 1683.
El segundo intento de colonización de Atondo fue más pacífico, más duradero y más fructífero en la exploración geográfica que el primero. Sin embargo, también llegó a una conclusión infructuosa cuando el asentamiento resultó incapaz de sostenerse por sí mismo y tuvo que ser abandonado en mayo de 1685. Las consecuencias de las expediciones de Atondo incluyeron una renuencia por parte del gobierno español a ser arrastrado nuevamente a la costosa e improductiva tarea de colonizar Baja California, pero también un entusiasmo de parte de Kino y otros jesuitas por desarrollar este campo misionero.
Posteriormente, Atondo sirvió en Nueva Vizcaya y Oaxaca , y fue recibido en la Orden de Santiago en 1689.