La temporada de 1999 fue la séptima temporada de la División 1 de la J-League. La liga comenzó en marzo y terminó en noviembre. Para este año, la división fue disputada por 16 equipos luego de la retirada de Yokohama Flügels y el descenso de Consadole Sapporo a la recién formada División 2 . En un año dominado por la prefectura de Shizuoka , Júbilo Iwata ganó la 1ª etapa con los vecinos Shimizu S-Pulse ganando la 2ª etapa. Iwata ganó el título de la División 1 de la J.League después de triunfar en los tiros penales en el Campeonato de Suntory .