Nacido en Houffalize , era el hijo mayor de Margarita II de Flandes de su primer marido, Bouchard IV de Avesnes . [1] Como el matrimonio de Margarita y Bouchard fue disuelto papalmente, fue considerado ilegítimo.
Su madre se volvió a casar con Guillermo II de Dampierre y tuvo más hijos que podrían reclamar su herencia. [1] Así, Juan y su hermano Balduino se comprometieron a recibir el reconocimiento imperial de su legitimidad y lo hicieron del emperador Federico II en marzo de 1243. El 5 de diciembre de 1244, Margarita heredó Flandes y Henao y designó a su hijo mayor por su segundo marido, Guillermo III de Dampierre , como su heredero. Inmediatamente se desató una guerra, llamada Guerra de Sucesión de Flandes y Hainault , por los derechos de herencia, que enfrentó a Juan contra Guillermo.
Después de dos años de lucha, en 1246 interviene Luis IX de Francia para dirimir el conflicto. Otorgó Henao a Juan y Flandes a Guillermo. Sin embargo, Margaret se negó a entregar Hainaut a John. El 6 de junio de 1251 fue asesinado Guillermo de Flandes y se demostró que la familia Avesnes había financiado el crimen. El 4 de julio de 1253, John derrotó a los ejércitos de Margaret y su segundo hijo Dampierre, Guy , en la batalla de West-Capelle . Guy fue encarcelado y Margaret acordó vender sus derechos sobre Hainaut a Carlos de Anjou si él se lo reconquistaba a Juan. El cuñado de Juan, Guillermo II, conde de Holanda , que había sido elegido rey de Alemania (o " rey de los romanos ")"), fue convencido de otorgar Hainaut (un feudo imperial) y esas tierras flamencas dentro del Imperio a Juan. Carlos fue derrotado y el rey Luis, que regresaba de la Séptima Cruzada , ordenó a su hermano acatar su arbitraje de 1246. El 22 de noviembre 1257, Guy finalmente renunció a Hainaut, pero John murió en Nochebuena en Valenciennes .