Johann von Metzenhausen nació en Neef en 1492, hijo de Heinrich von Metzenhausen y su esposa Margarete Boos von Waldeck . Se convirtió en domciliar del cabildo catedralicio de la catedral de Tréveris en 1505 y canónigo en 1511. El cabildo catedralicio lo eligió rector en 1512; decano en 1517; y rector en 1521. A raíz de la muerte de Richard von Greiffenklau zu Vollrads , el capítulo de la catedral se reunió el 27 de marzo de 1531 y eligió a Metzenhausen como nuevo arzobispo de Trier .
Como arzobispo, Metzenhausen se opuso al movimiento protestante , aunque en general fue conciliador. Instituyó reformas en la Universidad de Trier y trabajó para mejorar la formación del clero en el Arzobispado de Trier . Con el estallido de la rebelión de Münster en 1534, Metzenhausen ayudó a reunir tropas para derrotar el levantamiento anabautista . Asistió al Coloquio de Haguenau en 1540, sirviendo como uno de los presidentes del coloquio.