Clerke era hijo de Henry Clerke de Rochester , Kent y su esposa Grace Morgan, hija de George Morgan de Crow Lane House Rochester. Su padre era abogado y diputado de Rochester. Se matriculó en el University College de Oxford a los 16 años el 16 de septiembre de 1634. [1]
En abril de 1640, Clerke fue elegido miembro del Parlamento de Rochester en el Parlamento Corto . [2] El hermano de Clerke, Francis , también fue diputado por Rochester. [3]