Juan reemplazó a Teodoro II como exarca en 687. Ese mismo año, tomó un papel activo en una disputada elección papal. Sobornado por el archidiácono Paschal , exigió que este último fuera nombrado Papa. El conflicto con otro candidato papal, Teodoro , parecía inevitable, pero luego un candidato de compromiso, Sergio I , fue nombrado Papa. Pascual no perdió la esperanza, sin embargo: le prometió a Juan cien libras de oro a cambio del papado. Juan llegó rápidamente a Roma, pero descubrió que sería demasiado difícil ir en contra de la mayoría. Por lo tanto, reconoció a Sergio, pero exigió al Papa las cien libras de oro que Pascual había prometido. Sergio protestó, diciendo que no había hecho tal acuerdo; cuando Juan no abandonó sus demandas, tomó los vasos sagrados de la Basílica de San Pedro , alegando que eran todo lo que poseía. La población local, cada vez más enojada con el exarca, se unió al Papa y pagó la suma exigida. [1]
En 691, el emperador bizantino Justiniano II envió al Papa Sergio una serie de cánones aprobados por el Concilio Quinisexto para su firma. Jeffrey Richards señala que Justiniano había creído que esto sería una cuestión de rutina, ya que su apocrisiarius los había firmado. Dado que varios de ellos eran contrarios a los intereses del papado, Sergio se negó y prohibió que se leyeran públicamente. Las negociaciones sobre los cánones no resolvieron nada, por lo que Justiniano tomó represalias enviando a un tal Zacarías para arrestarlo, como lo habían hecho sus predecesores Justiniano I y Constante II con papas anteriores. [2]El resultado fue desastroso para el exarcado. Los ejércitos imperiales en Rávena y Roma no solo se negaron a cooperar, el ejército de Rávena marchó a Roma para defender a Sergio, y se les unieron soldados de la Pentápolis. Los soldados llegaron a Roma, rodearon la residencia papal y exigieron ver al Papa. Se dice que Zacarías se acobardó debajo de la cama del Papa hasta que el propio Sergio le permitió escapar; en cualquier caso, el Papa estaba a salvo. [3] Todo el asunto fue una vergüenza para la autoridad bizantina en Italia y socavó el poder de Juan.