Marsh nació el 2 de abril de 1788 en Wethersfield, Connecticut , donde su padre, John Marsh, DD , fue durante cuarenta y siete años pastor de la Primera Iglesia Congregacional. Su madre era Ann, hija del Capitán Ebenezer Grant , de East Windsor, Connecticut. Su hermano mayor, Ebenezer Grant Marsh, murió en 1803, cuando era Tutor y Profesor electo de Idiomas del Yale College .
Cuando solo tenía diez años, John Marsh, Jr., se convirtió en alumno de Azel Backus de Belén ; a los doce ingresó en Yale College , y se graduó a los 16 en 1804. Después de enseñar durante algunos años, comenzó a predicar a los 21 años. El 16 de diciembre de 1818, fue ordenado pastor de la Iglesia Congregacional en Haddam, Connecticut , donde permaneció hasta el 1 de abril de 1833. Se interesó por la causa de la templanza ; en mayo de 1829, la Sociedad de Templanza de Connecticutse organizó y el Sr. Marsh fue nombrado Secretario y Agente General. En el invierno de 1831-2, pasó tres meses en Baltimore y Washington a favor de la causa, y en 1833 fue invitado a dejar su cargo pastoral para actuar como agente de la Sociedad Estadounidense de Templanza . Se trasladó a Filadelfia , donde residió hasta 1838.
En octubre de 1836, Marsh se convirtió en secretario de la reorganizada American Temperance Union y editor de su nueva publicación mensual Journal of the American Temperance Union , y continuó trabajando así hasta 1865, cuando una nueva organización tomó el lugar de la antigua, y la El diario se suspendió. La oficina de la Sociedad se trasladó a la ciudad de Nueva York en 1837. En 1846 visitó Europa, como delegado de la Convención Mundial sobre la Templanza en Londres. El grado de D D. le fue conferido por Jefferson College , Pensilvania, en 1852.
La semana antes de su última enfermedad, Marsh emprendió una agencia para completar los fondos necesarios para la construcción de un edificio para el Departamento Teológico del Yale College. El 30 de julio de 1868 cayó en un estado de inconsciencia, del que despertó al día siguiente paralizado. Con poco sufrimiento se demoró hasta el 4 de agosto, cuando murió en su casa en Brooklyn, Nueva York, a los ochenta años y cuatro meses.
En Haddam Marsh publicó un Epítome de la Historia Eclesiástica , diseñado para los jóvenes, del cual se imprimieron dieciséis ediciones. Sus publicaciones y discursos sobre el tema de la templanza fueron numerosos, siendo el más extenso su autobiografía Temperance Recollections (Nueva York), publicada en 1866.
La esposa de Marsh, hija del vicegobernador Tallmadge de Nueva York, murió en 1852; le sobrevivieron dos hijos y tres hijas.