En 2012, Mortensen se unió al Esbjerg fB procedente del Varde IF a la edad de 13 años. [2] En diciembre de 2016, Mortensen firmó un contrato juvenil de tres años con el club. [3] Ya a la edad de 16 años, Mortensen era titular en la selección sub-19. [4]
Mortensen debutó oficialmente con el Esbjerg fB el 27 de febrero de 2019 contra OB . Jugó 98 minutos de partido, que Esbjerg perdió 4-5 tras los penaltis en los cuartos de final de la Copa de Dinamarca . [5]
Antes de los preparativos del verano 2019-20, Mortensen fue ascendido permanentemente a la escuadra del primer equipo.