Nacido en Coëx , Joubert fue ordenado sacerdote el 22 de febrero de 1902. Fue nombrado secretario y vicecanciller de la diócesis católica romana de Luçon en 1919. También ocupó el cargo de capellán del Carmelo desde julio de 1904 hasta su muerte.
Estudió música en la Schola Cantorum de Paris de 1903 a 1904. A la repentina muerte de su predecesor, tuvo que abandonar sus estudios para ocupar el puesto de organista titular del órgano Cavaillé-Coll de la Cathédrale Notre-Dame- de-l'Assomption de Luçon de 1904 a 1935, luego de 1940 a 1946.
Tuvo la idea de solicitar a los compositores piezas inéditas para órgano o armonio (590) que recopiló y publicó en 8 volúmenes (1912 y 1914) en las Éditions Maurice Senart de París. Esta importante antología se titula Maîtres contemporains de l'orgue .
"Sabíamos que las únicas páginas de órgano, escritas por compositores rusos desde principios del siglo XX, habían sido escritas a pedido de un tal Joubert, organista de Luçon, en Francia. Por eso consideramos a Joseph Joubert como el fundador. de la escuela de órgano rusa contemporánea". Vladimir Shlyapnikoff, director de la Capilla de la Corte de San Petersburgo , mencionado por el abad Abel Gaborit . (en Música y Memoria )
Después de la Primera Guerra Mundial, en 1921 comenzó a publicar partes para órgano o armonio en forma de folleto, Les Voix de la douleur chrétienne [1] en A. Ledent-Malay de Bruselas, como homenaje a los desaparecidos.