El Instituto Max Planck para la Investigación del Mejoramiento Vegetal se fundó en Müncheberg , Alemania en 1928 como parte del Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft . El director fundador, Erwin Baur , inició programas de mejoramiento con frutas y bayas, e investigación básica sobre Antirrhinum majus y la domesticación de altramuces . Después de la Segunda Guerra Mundial, el instituto se trasladó al oeste a Voldagsen y se trasladó a nuevos edificios en el sitio actual en Colonia en 1955.
· La era moderna del Instituto comenzó en 1978 con el nombramiento de Jeff Schell y el desarrollo de tecnologías de transformación de plantas y genética molecular de plantas . El enfoque en la genética molecular se amplió en 1980 con el nombramiento de Heinz Saedler. El nombramiento en 1983 de Klaus Hahlbrock amplió la experiencia del Instituto en el área de bioquímica vegetal, y la llegada de Francesco Salamini en 1985 agregó un enfoque en la genética de cultivos. Durante el período 1978-1990, el Instituto se amplió considerablemente y se construyeron nuevos edificios para los departamentos dirigidos por Schell, Hahlbrock y Salamini, además de una nueva sala de conferencias y el edificio del Laboratorio Max Delbrück que albergaron grupos de investigación independientes durante un período de 10 años.
Se nombró una nueva generación de directores a partir de 2000 con la próxima jubilación de Klaus Hahlbrock y Jeff Schell. Paul Schulze-Lefert y George Coupland fueron nombrados en 2000 y 2001, respectivamente, y Maarten Koornneefllegó tres años después tras la jubilación de Francesco Salamini. Los nuevos departamentos científicos se centraron en la utilización de especies modelo para comprender los principios reguladores y los mecanismos moleculares que subyacen a los rasgos seleccionados. El objetivo a más largo plazo es traducir estos descubrimientos en programas de mejoramiento mediante el desarrollo de conceptos de mejoramiento racionales. La llegada de una nueva generación de directores también requirió la modernización de la infraestructura. Hasta el momento, esto ha implicado la remodelación completa del edificio que alberga el laboratorio de Biología del Desarrollo Vegetal (2004), la construcción de una nueva casa de huéspedes y biblioteca (2005), la planificación de nuevos edificios para la administración y los talleres técnicos (2009), y un nuevo Edificio de laboratorio terminado en mayo de 2012.El nuevo edificio del laboratorio incluye una sección que conecta los tres departamentos científicos, oficinas y el Grupo de Investigación en Bioinformática.