Los Southern Jaguars y Lady Jaguars representan a Southern University en el atletismo interuniversitario de la NCAA . Los 13 equipos atléticos de Southern University participan en la Southwestern Athletic Conference (SWAC), que es parte de la División I de la NCAA . El fútbol participa en la Subdivisión del Campeonato de Fútbol (antes División I-AA).
El equipo de béisbol de la universidad ha ganado más campeonatos de temporada regular que cualquier otro miembro de SWAC. [2] Juegan sus partidos en casa en el Lee-Hines Field .
El juego de baloncesto contra los rivales en el estado Grambling State Tigers en el FG Clark Activity Center es anualmente el más concurrido y uno de los juegos más esperados de la temporada.
Desde 2008, Southern y Texas Southern han sido tradicionalmente los favoritos para competir por el Campeonato SWAC cada temporada. Los juegos se han vuelto muy competitivos y muy esperados por ambas universidades.
Avery Johnson , ex estrella de la NBA que ganó un título de la NBA con los San Antonio Spurs , se graduó en 1988 en Southern. Johnson fue nombrado Entrenador del Año de la NBA en 2006 después de llevar a los Dallas Mavericks a las Finales de la NBA . Bob Love , conocido como "Butterbean" en Southern, es el segundo máximo anotador en la historia de los Chicago Bulls detrás de Michael Jordan . Love actuó en Southern University entre 1962 y 1965.
El equipo de baloncesto femenino 2005–2006 ganó una parte del título de la temporada regular SWAC y ganó el torneo de baloncesto femenino SWAC. Esta fue la tercera aparición del entrenador Sandy Pugh en el torneo de la NCAA con la universidad.