La temporada 1999-2000 de la Liga Artzit fue la primera en la que la Liga Artzit fue el tercer nivel del fútbol israelí debido a la formación de la Premier League israelí . Solo los campeones, Hapoel Ramat Gan , fueron ascendidos mientras continuaba la reestructuración en las divisiones superiores.
Hapoel Ironi Dimona y Hapoel Iksal descendieron a la Liga Alef . Al final de la temporada, Beitar Tel Aviv y Shimshon Tel Aviv se fusionaron para formar Beitar Shimshon Tel Aviv . El lugar libre en la división se llenó promoviendo al tercer mejor club de la Liga Alef en lugar de indultar al Hapoel Ironi Dimona.