Los modelos de simulación de COVID-19 son modelos matemáticos de enfermedades infecciosas para la propagación de COVID-19 . [1] La lista no debe confundirse con las aplicaciones COVID-19 que se utilizan principalmente para el rastreo de contactos digitales .
Tenga en cuenta que algunas de las aplicaciones enumeradas son modelos o simuladores exclusivos de sitios web , y algunas de ellas se basan en (o utilizan) datos en tiempo real de otras fuentes.
Modelos con el respaldo más científico
La sublista contiene simuladores que se basan en modelos teóricos. Debido a la gran cantidad de investigaciones previas a la impresión creadas e impulsadas por la pandemia de Covid-19, [2] especialmente los modelos más nuevos solo deben considerarse con mayor rigor científico . [3] [4] [5]
Simulaciones y modelos
- Chen y col. simulación basada en el modelo Bats-Hosts-Reservoir-People (BHRP) (simplificado a RP solamente) [6]
- CoSim19 [7] - Prof Lehr, basado en el modelo SEIRD
- MODELADO DE MOVILIDAD COVID-19 [8] - Stanford basado en el modelo SEIR [9]
- Simulador COVID-19 [10] - Escuela de Medicina de Harvard basado en un modelo de dinámica de sistemas (compartimento) validado [11]
- Oleada de COVID-19 [12] - CDC [13]
- COVIDSIM [14] - por Mark Kok Yew Ng et al.
- CovidSim - Imperial College London , Centro MRC para el Análisis Global de Enfermedades Infecciosas , Neil Ferguson et al.
- CovidSim [15] - Proyecto de investigación de la Universidad de Ciencias Aplicadas de Munich, Prof Köster
- COVIDSim [16] - escrito en MATLAB [17] por Ng y Gui [18]
- CovidSIM.eu [19] - Martin Eichner, Markus Schwehm apoyado por la Universidad de Tübingen y patrocinado por el Ministerio Federal de Educación e Investigación de Alemania . [20]
- CovidSIM [21] - Schneider et al.
- CovRadar [22] - para la vigilancia molecular de la proteína de pico Corona [23] [24]
- Modelo del Dr. Ghaffarzadegan [25] [26] [27]
- Horizonte de eventos - COVID-19 [28] - HU Berlín basado en el modelo SIR-X [29]
- IA evolutiva [30] - "Intervenciones no farmacéuticas (NPI) que la IA genera para diferentes países y regiones a lo largo del tiempo, su efecto previsto". [31] [32] [33]
- Modelo IHME - Instituto de Métricas y Evaluación de la Salud modelo COVID
- OxCGRT [34] - El rastreador de respuestas gubernamentales COVID-19 de Oxford [35] [33]
- SC-COSMO [36] - Modelo de simulación de coronavirus Stanford-CIDE
- Inversión inteligente de recursos de pruebas de ARN de virus para mejorar la mitigación de Covid-19 [37] [38]
- Colección de epidemiología del SIAM [39]
- Modelo COVID de Youyang Gu
Bases de datos del genoma
Varios de estos modelos utilizan bases de datos del genoma, incluidos los siguientes:
- Banco de datos de ADN de Japón
- Archivo europeo de nucleótidos
- GISAID
- Asignación filogenética de linajes de brotes globales nombrados
Consorcios, agrupaciones de investigación, otras colecciones
- Lista de los CDC de suposiciones e inclusión de pronósticos [40] - lista grande con diferentes modelos, etc.
- COVID-19 Forecast Hub [41] : sirve como depósito central de pronósticos y predicciones de más de 50 grupos de investigación internacionales. [42] [43]
- Nextstrain : proyecto de código abierto para aprovechar el potencial científico y de salud pública de los datos del genoma de patógenos [44]
- Consulte también los recursos de Nextstrain SARS-CoV-2 [45]
- SIMID [46] - Modelos de simulación de enfermedades infecciosas - Consorcio de investigación de Bélgica
- RAMP - Asistencia rápida para modelar la pandemia [47] (Reino Unido)
- Consorcio de modelado COVID-19 de UT Austin [48]
Monitores, modelos o cuadros de mando de vacunación
- Panel de control COVID-19 [49] - Centro de ciencia e ingeniería de sistemas (CSSE) de la Universidad Johns Hopkins (JHU) [50] [51]
- Conjunto de datos Datahub Novel Coronavirus 2019 [52] [53] - Conjunto de datos COVID-19 Serie temporal de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) que enumera los casos confirmados, las muertes notificadas y las recuperaciones notificadas.
- Simulation der COVID19-Impfkampagne [54] - Monitor para la campaña de vacunación en Alemania por Zi Data Science Lab
- Proyecciones COVID-19 del Instituto de Métricas y Evaluación de la Salud (IHME) [55]
- Véase también el modelo COVID del Instituto de Métricas y Evaluación de la Salud
Modelos con menos respaldo científico
Los siguientes modelos son únicamente para fines educativos.
- Simulador Covid-19 [56]
- COVID19: Top 7 - Una lista seleccionada [57] publicada en Medium [58]
- github.com/topics: covid-19 [59]
- Simulador COVID-19 de ISEE Systems [60]
- nCoV2019.live [61] - "Los números que necesita de un vistazo rápido" por Schiffmann / Conlon
- cov19.cc- por Conlon [62]
- Simul8 - Recursos de simulación COVID-19 [63]
- Simulación de coronavirus con el modelo SIR [64]
- Simulación de propagación de virus [65]
- ( Sociedad Química Estadounidense ) CAS COVID-19 BIOINDICATOR EXPLORER [66]
- Rastreador de datos COVID de los CDC [67]
- Instituto Cornell de Investigaciones Sociales y Económicas (CISER): Fuentes de datos COVID-19 [68]
- Modelado multifásico euleriano-lagrangiano , p. Ej. Para la transmisión de COVID-19 en ascensores basado en CFD [69]
- Datos de origen del coronavirus de Our World in Data [70]
- Proyecto de seguimiento COVID 19 del Atlántico [71]
- Vadere - Marco de código abierto para la simulación de peatones y multitudes [72]
Capacitaciones y otros recursos
- Especialización en modelado de enfermedades infecciosas : proporcionada en Coursera por el Imperial College de Londres
- Presentamos el kit de herramientas de aprendizaje automático y simulador de COVID-19 para predecir la propagación de COVID-19 - Blog de aprendizaje automático de AWS
Otras lecturas
- David Adam, Informe especial: Las simulaciones que impulsan la respuesta mundial al COVID-19 , Nature 580, 316-318 (2020) [1]
- Guía de aprendizaje de modelado covid WXML 2020 - Jarod Alper, profesor asociado de matemáticas en la Universidad de Washington
- Michael Roberts et al., Fighting a Pandemic with Medical Imaging and Machine Learning: Lecciones aprendidas de COVID-19 , SIAM News, 1 de junio de 2021 [73]
Ver también
- Modelo SIR
- Simulación por ordenador
- Simulación en el sector sanitario
- Modelización matemática de enfermedades infecciosas
- Biología Computacional
- Bioinformática
Referencias
- ^ a b Adam D (abril de 2020). "Informe especial: Las simulaciones que impulsan la respuesta mundial al COVID-19" . Naturaleza . 580 (7803): 316–318. Código Bib : 2020Natur.580..316A . doi : 10.1038 / d41586-020-01003-6 . PMID 32242115 .
- ^ Brierley L. "El papel de los preprints de la investigación en la respuesta académica a la epidemia de COVID-19" . doi : 10.22541 / au.158516578.89167184 . Cite journal requiere
|journal=
( ayuda ) - ^ "¿Otras 178.000 muertes? La última proyección de virus de los científicos es una advertencia" . NBC News . Consultado el 22 de febrero de 2021 .
- ^ Tufekci Z (2 de abril de 2020). "No crea los modelos COVID-19" . El Atlántico . Consultado el 22 de febrero de 2021 .
- ^ Gonçalves B (9 de septiembre de 2020). "Epidemic Modeling 102: Todos los modelos CoVID-19 son incorrectos, pero algunos son útiles" . Medio . Consultado el 22 de febrero de 2021 .
- ^ Chen TM, Rui J, Wang QP, Zhao ZY, Cui JA, Yin L (febrero de 2020). "Un modelo matemático para simular la transmisibilidad basada en fases de un nuevo coronavirus" . Enfermedades Infecciosas de la Pobreza . 9 (1): 24. doi : 10.1186 / s40249-020-00640-3 . PMC 7047374 . PMID 32111262 .
- ^ CoSim19 shiny.covid-simulator.com
- ^ MODELADO DE MOVILIDAD COVID-19 covid-mobility.stanford.edu
- ^ Chang S, Pierson E, Koh PW, Gerardin J, Redbird B, Grusky D, Leskovec J (enero de 2021). "Los modelos de redes de movilidad de COVID-19 explican las inequidades e informan la reapertura" . Naturaleza . 589 (7840): 82–87. Código Bibliográfico : 2021Natur.589 ... 82C . doi : 10.1038 / s41586-020-2923-3 . PMID 33171481 .
- ^ Simulador de COVID-19 covid19sim.org
- ^ "Metodología del simulador de políticas" . Simulador COVID-19 . Consultado el 21 de febrero de 2021 .
- ^ Sobretensión de COVID-19 www.cdc.gov
- ^ CDC (11 de febrero de 2020). "Trabajadores de la salud" . Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades . Consultado el 22 de febrero de 2021 .
- ^ COVIDSIM www.markusng.com
- ^ CovidSim www.hm.edu
- ^ COVIDSim github.com/nkymark
- ^ Ng M (2020-12-23), nkymark / COVIDSim , consultado el 2021-03-09
- ^ Ng KY, Gui MM (octubre de 2020). "COVID-19: Desarrollo de un modelo matemático robusto y paquete de simulación teniendo en cuenta el envejecimiento de la población y el retraso de tiempo para la acción de control y resusceptibilidad" . Physica D. Fenómenos no lineales . 411 : 132599. Bibcode : 2020PhyD..41132599N . doi : 10.1016 / j.physd.2020.132599 . PMC 7282799 . PMID 32536738 .
- ^ CovidSIM.eu covidsim.eu
- ^ "CovidSIM" . covidsim.eu . Consultado el 13 de marzo de 2021 .
- ^ Schneider KA, Ngwa GA, Schwehm M, Eichner L, Eichner M (noviembre de 2020). "La herramienta de simulación de preparación para la pandemia COVID-19: CovidSIM" . Enfermedades Infecciosas de BMC . 20 (1): 859. doi : 10.1186 / s12879-020-05566-7 . PMC 7675392 . PMID 33213360 .
- ^ CovRadar covradar.net
- ^ Wittig, Alice; Miranda, Fábio; Hölzer, Martin; Altenburg, Tom; Bartoszewicz, Jakub M .; Dieckmann, Marius A .; Genske, Ulrich; Giese, Sven H .; Nowicka, Melania; Schiebenhoefer, Henning; Schmachtenberg, Anna-Juliane (6 de abril de 2021). "CovRadar: seguimiento continuo y filtrado de mutaciones de SARS-CoV-2 para vigilancia molecular". bioRxiv 10.1101 / 2021.02.03.429146v2 .
- ^ "Vigilancia molecular de mutaciones de la proteína pico SARS-CoV-2 usando CovRadar" . News-Medical.net . 2021-02-07 . Consultado el 25 de abril de 2021 .
- ^ "Modelo del Dr. Ghaffarzadegan - Simule los casos de covid-19 de su universidad" . forio.com . Consultado el 2 de mayo de 2021 .
- ^ Ghaffarzadegan N (1 de febrero de 2021). "Análisis Y si ... basado en simulación para controlar la propagación de Covid-19 en universidades" . PLOS ONE . 16 (2): e0246323. doi : 10.1371 / journal.pone.0246323 . PMC 7850497 . PMID 33524045 .
- ^ "El modelo de simulación COVID-19 crea escenarios" . www.vtnews.vt.edu . Consultado el 21 de febrero de 2021 .
- ^ Horizonte de sucesos: COVID-19 rocs.hu-berlin.de
- ^ Maier BF, Brockmann D (mayo de 2020). "La contención eficaz explica el crecimiento subexponencial en los casos recientes confirmados de COVID-19 en China" . Ciencia . 368 (6492): 742–746. Código Bibliográfico : 2020Sci ... 368..742M . doi : 10.1126 / science.abb4557 . PMC 7164388 . PMID 32269067 .
- ^ Evolución de la IA evolutiva.ml
- ^ "IA evolutiva" . evolution.ml . Consultado el 26 de abril de 2021 .
- ^ Miikkulainen, Risto; Francon, Olivier; Meyerson, Elliot; Qiu, Xin; Canzani, Elisa; Hodjat, Babak (1 de agosto de 2020). "De la predicción a la prescripción: optimización evolutiva de las intervenciones no farmacéuticas en la pandemia de COVID-19". arXiv : 2005.13766 [ cs.NE ].
- ^ a b "¿Pueden los modelos informáticos seleccionar las mejores intervenciones de salud pública para COVID-19?" . IEEE Spectrum: Noticias de tecnología, ingeniería y ciencia . Consultado el 26 de abril de 2021 .
- ^ OxCGRT www.bsg.ox.ac.uk
- ^ "Rastreador de respuesta del gobierno COVID-19" . www.bsg.ox.ac.uk . Consultado el 26 de abril de 2021 .
- ^ SC-COSMO www.sc-cosmo.org
- ^ - Inversión inteligente de recursos de pruebas de ARN de virus para mejorar la mitigación de Covid-19 corona-lab.ch , consultado el 28 de abril de 2021
- ^ Gorji H, Arnoldini M, Jenny DF, Hardt WD, Jenny P (2 de diciembre de 2020). "Inversión inteligente de recursos de pruebas de ARN de virus para mejorar la mitigación de Covid-19". MedRxiv . doi : 10.1101 / 2020.11.30.20239566 .
- ^ Colección de epidemiología epubs.siam.org
- ^ Lista de los CDC de inclusión de pronósticos y suposiciones www.cdc.gov
- ^ Centro de pronóstico COVID-19
- ^ Mejor R, Boice J (2020-05-01). "Hacia dónde piensan los últimos modelos COVID-19 que nos dirigimos y por qué no están de acuerdo" . FiveThirtyEight . Consultado el 21 de febrero de 2021 .
- ^ "Inicio - Centro de pronóstico de COVID 19" . covid19forecasthub.org . Consultado el 21 de febrero de 2021 .
- ^ "Nextstrain" . nextstrain.org . Consultado el 26 de abril de 2021 .
- ^ Recursos de Nextstrain SARS-CoV-2 nextstrain.org/sars-cov-2
- ^ SIMID www.simid.be
- ^ "Asistencia rápida en el modelado de la pandemia: RAMP | Royal Society" . royalsociety.org . Consultado el 9 de marzo de 2021 .
- ^ UT Austin COVID-19 Modeling Consortium covid-19.tacc.utexas.edu
- ^ Panel de control COVID-19 coronavirus.jhu.edu
- ^ "Mapa COVID-19" . Centro de recursos sobre el coronavirus de Johns Hopkins . Consultado el 26 de abril de 2021 .
- ^ Dong, Ensheng; Du, Hongru; Gardner, Lauren (1 de mayo de 2020). "Un tablero interactivo basado en la web para rastrear COVID-19 en tiempo real" . Enfermedades Infecciosas de The Lancet . 20 (5): 533–534. doi : 10.1016 / S1473-3099 (20) 30120-1 . ISSN 1473-3099 . PMID 32087114 .
- ^ Datopian; Open Knowledge International. "Nuevo Coronavirus 2019" . DataHub.io . Consultado el 2 de mayo de 2021 .
- ^ datasets / covid-19 , Data Packaged Core Datasets en GitHub, 2021-05-02 , recuperado 2021-05-02
- ^ Simulación der COVID19-Impfkampagne
- ^ Proyecciones COVID -19 covid19.healthdata.org
- ^ Covid-19 Simulator www.coronasimulator.com , consultado el 28 de abril de 2021
- ^ COVID19: Top 7 - Una lista curada haciadatascience.com
- ^ Prabowo A (3 de mayo de 2020). "COVID19: Top 7 simulaciones interactivas en línea, comisariada" . Medio . Consultado el 21 de febrero de 2021 .
- ^ covid-19 github.com/topics
- ^ COVID-19 Simulator exchange.iseesystems.com
- ^ nCoV2019.live ncov2019.live
- ^ cov19.cc
- ^ "Recursos de simulación COVID-19" . Consultado el 21 de febrero de 2020 .
- ^ Simulando coronavirus con el modelo SIR fatiherikli.github.io
- ^ Simulación de propagación de virus c19model.com
- ^ "Recursos CAS COVID-19" . CAS . Consultado el 2 de junio de 2021 .
- ^ Rastreador de datos COVID covid.cdc.gov
- ^ Fuentes de datos de COVID-19 guides.library.cornell.edu
- ^ Dbouk T, Drikakis D (enero de 2021). "Sobre la transmisión aérea de virus en ascensores y espacios confinados" . Física de fluidos . 33 (1): 011905. Código Bibliográfico : 2021PhFl ... 33a1905D . doi : 10.1063 / 5.0038180 . PMC 7984422 . PMID 33790526 .
- ^ Datos de origen del coronavirus ourworldindata.org
- ^ Proyecto de seguimiento de COVID 19 covidtracking.com
- ^ Vadere - Marco de código abierto para simulación de peatones y multitudes www.vadere.org
- ^ "Luchando contra una pandemia con imágenes médicas y aprendizaje automático: lecciones aprendidas de COVID-19" . Noticias SIAM . Consultado el 2 de junio de 2021 .