Esta es una lista de los Secretarios Generales de la Comunidad de África Oriental desde que se restableció la Comunidad de África Oriental, después de que el Tratado EAC de 1999 entrara en vigor en julio de 2000. [1] Desde entonces ha habido cinco secretarios generales designados por el jefes de estado correspondientes. Tanto el cargo de secretario general como el cargo de presidente son nombrados de forma rotativa por los respectivos estados asociados. El secretario general tiene que ser un secretario general adjunto para ser designado y, a la vez, hay cuatro secretarios adjuntos en el lugar.
Un secretario general adjunto es designado por la cumbre por un período de tres años renovable una vez. Cada nación tendrá un secretario general adjunto, excepto la nación de donde proviene el secretario general.