El Museo Histórico de Los Alamos se encuentra en la histórica Casa de Huéspedes, ubicada junto a Fuller Lodge, de la Escuela Rancho de Los Alamos , que fue el lugar favorito del General Leslie Groves para quedarse durante el Proyecto Manhattan .
El museo presenta exhibiciones sobre la historia geológica de la meseta de Pajarito , incluida la explosión volcánica que creó la segunda caldera más grande del mundo, conocida como Valles Caldera . También cuenta con exhibiciones sobre los primeros pobladores de la zona, los indígenas pueblo ancestrales y los primeros colonos. El museo muestra la historia de Los Alamos Ranch School, una institución educativa de élite para niños ricos. Fue fundado por Ashley Pond II utilizando los métodos de los Boy Scouts of America .para construir tanto los cuerpos como las mentes de los niños, que vestían pantalones cortos como parte de sus uniformes escolares, incluso durante el invierno. La escuela cerró en 1943 cuando el gobierno de los Estados Unidos confiscó la propiedad para el Proyecto Manhattan, el proyecto de alto secreto para crear la bomba atómica. Fotos y artefactos en el museo documentan esta época y cuentan las historias de las personas que la vivieron.
El museo también tiene un área para exhibiciones itinerantes que han presentado una amplia variedad de exhibiciones sobre la historia de Nuevo México y la Segunda Guerra Mundial .