Lumbriculus ambiguus fue descrito por Holmquist en 1976, basado en material recolectado en el norte de Alaska. Al igual que L. genitosetosus , L. ambiguus se colocó inicialmente en el género Thinodrilus junto con L. inconstans , pero este género generalmente no se reconoce en la actualidad. Sus caracteres genitales varían mucho entre individuos, pero ciertas características (como la ubicación de las aurículas en el segmento VIII) parecen ser constantes.