La Segunda División maltesa 2009-10 comenzó en septiembre de 2009 y terminará en mayo de 2010. Rabat Ajax y Senglea Athletic descendieron de la Primera División maltesa 2008-09 . Gzira United , Gharghur y Zurrieq fueron ascendidos de la Tercera División de Malta 2008-09 . La Segunda División de Malta 2009-10 fue ganada por el Lija Athletic . Los subcampeones fueron St. Andrews . Gharghur y Gozo FC descendieron. Santa Venra Lightning también descendió después de perder en los playoffs de descenso.