La Tercera División de Malta 2009-10 (conocida como BOV 3rd Division 2009-10 debido a motivos de patrocinio) fue la décima temporada de la Tercera División de Malta . Comenzó en septiembre de 2009 y finalizó en mayo de 2010 con los play-offs de ascenso. Naxxar Lions , Mgarr United y Marsa fueron relegados de la Segunda División de Malta 2008-09 .
La división se divide en dos secciones (Sección A y Sección B), ambas con 10 equipos. Los ganadores de cada sección se enfrentaron en un desempate donde el vencedor se coronó campeón de la división, pero aún así ambos equipos obtuvieron el ascenso.
Mgarr United ganó la Sección A, mientras que Zejtun Corinthians ganó la Sección B después de un partido decisivo con Naxxar Lions . En el desempate del campeonato, Zejtun apostó a Mgarr 4-3 para ganar la División.
En la semifinal de los play-offs de ascenso el Gudja United venció al Santa Venera, que finalizó décimo en Segunda División . En la final, Naxxar Lions derrotó a Gudja en los penaltis para ganar el ascenso.