Un niño de 14 años llamado Andy Pierce es testigo de cómo su madre, Christine, es agredida por dos hombres enmascarados que trabajan para Animal Freedom Militia.
En el campus de CHERUB, Kerry está molesta con su novio, James. James entra en su habitación y se encuentra con su hermana, Lauren, quien le pide que la ayude a ella y a su mejor amiga Bethany a colarse en el complejo de entrenamiento básico para darle algunos suministros al hermano de Bethany, Jake, y al enamorado de Lauren, Rat. James se niega, pero Lauren lo chantajea amenazándolo con decirle a Kerry que él la engañó durante una misión el año anterior.
James se une a Lauren y Bethany en la misión de llevar la comida a los alumnos. Entregan con éxito los suministros, pero al regresar a su habitación, James recibe una llamada del presidente de CHERUB, Mac, quien se había enterado antes de la misión y luego la vio desarrollarse en el sistema de CCTV de respaldo . Después de que Mac revela una fotocopia del plan maestro de Lauren, incluida su intención de chantajear a James, James evita el castigo; Lauren y Bethany, sin embargo, son castigadas. Lauren y Kyle son castigados con tener que cavar las zanjas del campus.
Tres semanas después, James, Lauren y Kyle son enviados a una misión, con Zara como controladora de la misión, para acabar con la AFM (Animal Freedom Militia), un grupo terrorista de liberación animal. Se quedan con el pacífico activista por la liberación animal Ryan Quinn, con Zara haciéndose pasar por su prometida. Kyle y James se hacen amigos de presuntos miembros de AFM y finalmente son invitados a una misión ultrasecreta con el grupo. Mientras tanto, Lauren está atrapada con Ryan, mientras que Zara está en una reunión en Londres. Ryan recibe una invitación para rescatar a docenas de cachorros beagle que iban a venderse a la empresa de pruebas; con Zara lejos, Lauren se une a él. El rescate es un éxito, pero los rescatistas se vieron abrumados, ya que se rescataron muchos más perros de los que pensaban. Cuando llega Zara después de que se han llevado a todos los cachorros, Lauren salva a un cachorro (que se había escapado) después de que casi pasa por debajo del auto de Zara. Ella lo lleva de regreso a la casa de Ryan y lo llama Meatball.
James y Kyle se infiltran con éxito en la AFA (Animal Freedom Army), otro movimiento dentro de la AFM, y se encuentran como parte de un truco que se transmite en vivo. James y dos miembros de la AFA secuestran a Nick Cobb, un chef de televisión, del set de un programa de entrevistas diurno y lo llevan a una granja en el norte de Inglaterra. Nick Cobb está encerrado en una jaula, y James y los dos miembros de la AFA se dirigen a una casa segura. La AFA inicia una transmisión en vivo por Internet, que es recogida por múltiples canales de noticias, donde los miembros de la AFA, Jo y Viv, describen el mal trato a los animales por parte del equipo legal de la compañía de Nick Cobb. Cobb es revelado, encerrado en una jaula y alimentado con productos químicos de limpieza a través de un tubo. En la casa de seguridad, James domina a los otros dos miembros de la AFA y regresa al campus de CHERUB. Después de que la unidad antiterrorista cortara la transmisión, Kyle logra dominar a los miembros de la AFA en la granja y hacer que carguen a Nick Cobb en una camioneta, que Kyle conduce al hospital. Posteriormente, varios miembros de la AFA fueron detenidos y encarcelados.
Zara y Lauren salen de la casa de Ryan y regresan al campus, llevándose a Meatball con ellas. A los agentes activos no se les permiten mascotas, pero Zara y Ewart Asker aceptan la oferta de Lauren de adoptarlo después de parar en la casa de los Asker en el camino de regreso al campus.