Durante los años anteriores a la guerra, la Escuela de la Catedral de Manila de Intramuros tenía un famoso "Tiples", un coro de niños formados en música sacra. Estos muchachos procedían de diferentes provincias y disfrutaban de pensión y beca gratuita en el Colegio de Tiples.
Después de la liberación de 1945 , la Catedral de Manila y la escuela para los Tiples quedaron en ruinas, pero el Arzobispo de Manila , Monseñor Michael O'Doherty, DD . no se desanimó. Lo más importante en su mente era la educación de estos jóvenes. La escuela fue trasladada al sitio actual de la Escuela de la Catedral de Manila en Tayuman , Tondo , conocido antes como el "Instituto de Mujeres", copropiedad de la familia de Doña Rosa Sevilla y la Arquidiócesis de Manila. Cuando el Instituto de Mujeres decidió trasladarse a Governor Forbes St., Manila, la Arquidiócesis de Manila compró todo el lote y se convirtió así en el único propietario. En su momento, esta zona sirvió para albergar a diferentes congregaciones religiosas.
En 1949, el arzobispo llamó a todos los sacerdotes diocesanos con títulos de educación. Acordaron establecer la escuela de Tiples y de muchachos con vocación sacerdotal y clases a partir de junio de 1949; nombrar la escuela Escuela de la Catedral de Manila y ofrecer cupos desde el jardín de infantes hasta el cuarto año de la escuela secundaria.
Así nació la Escuela de la Catedral de Manila con unos 400 estudiantes que pagaban una matrícula mínima, exclusivamente para los niños pobres de Tondo. En la década de 1950, la Escuela de la Catedral de Manila abrió sus puertas a las alumnas.
En 1978, el Arzobispo de Manila Jaime Cardinal Sin invitó a la Congregación de las Religiosas Misioneras de Santo Domingo (Orden de Predicadores) a dirigir la escuela.
En 1997, la décima directora y directora de MCS, la Hna. María Esperanza H. Seguban, OP, inició el nivel terciario, convirtiendo así a MCS en Manila Cathedral College. Sin embargo, en 2001, la Junta Escolar decidió concentrarse en la Educación Básica.