La Mission sui iuris de Cunene fue una jurisdicción misionera de corta duración en la actual Angola , entonces todavía una colonia portuguesa.
La misión sui iuris de Cunene se estableció en 1881, en un territorio separado de la entonces Prefectura Apostólica de Cimbebasia (el resto de la cual fue rebautizada el 1 de agosto de 1892 como Prefectura Apostólica de Alta Cimbebasia en la Angola portuguesa , más tarde Cubango en Angola, luego suprimida en 1940).
Estaba exento, es decir, no formaba parte de ninguna provincia eclesiástica . No parece registrarse ningún superior eclesiástico .
Fue suprimido el 4 de septiembre de 1940 y su territorio se fusionó con la recién erigida Diócesis Católica Romana de Nova Lisboa , el núcleo de la actual Arquidiócesis Metropolitana de Huambo .