Las elecciones para gobernador de Missouri de 1868 se llevaron a cabo el 3 de noviembre de 1868 y resultaron en una victoria para el candidato republicano , el congresista Joseph W. McClurg , sobre el candidato demócrata , el excongresista John S. Phelps .
Esta fue la primera elección en la que se eligió a un gobernador para un mandato de 2 años, en lugar de 4 años. Missouri volvería a elegir a sus gobernadores por períodos de 4 años en 1880 .